Le lieu-dit "Merlande" est donné à l'abbaye de Chancelade par l'évêque de Périgueux au début du XIIe siècle. Entre 1140-1145, une chapelle dédiée à Saint-Jean-Baptiste y est construite. Elle est rapidement devenue un prieuré.

En 1172, elle a été en partie détruite par les troupes de Henri II et de son fils, Richard Cœur de Lion, partis faire le siège de Puy-Saint-Front (l'actuel Périgueux).

Le prieuré est encore une fois en partie endommagé au milieu du XVIe siècle. Mais des fortifications lui sont ajoutées.

Lors de la Révolution Française, le prieuré est pillé, vandalisé et en partie détruit. Le dernier prieur prend alors la fuite et meurt noyé dans un fossé.

Au XIXe siècle, l'édifice menace ruine et la commune de La Chapelle-Gonaguet décide de sa démolition. L'abbé AUDIERNE parvient à l'empêcher. Le clocher est cependant détruit et sa cloche transportée au-dessus de la première travée de l'église.

Cette même cloche réalisée en 1831 est descendue pendant la restauration de l'édifice et oubliée là. Dans les années 60, un individu la vole, la brise en plusieurs morceaux. Pris de remords, il les jette dans l'Isle. Des morceaux ont été retrouvés et se trouvent désormais à la mairie de la Chapelle-Gonaguet.

En 1962, le logis du prieur est relevé de ses ruines par deux jeunes parisiennes tombées sous le charme du lieu. Quelques années plus tard, une première tour est rebâtie. La seconde ne le sera jamais.

Il existe par ailleurs une crypte inaccessible sous le chœur de l'église.

Le cimetière qui était autrefois adjacent à la chapelle a disparu.

Sous la coupole, reposent 13 prieurs recouverts par une lourde dalle de pierre.

Le prieuré est classé monument historique depuis le 3 août 1892.